阵容搭配的核心在于忍者之间的技能联动和属性互补。无主模式排除了主角加成，完全依靠忍者之间的配合，因此需要优先考虑忍者的追打衔接、控制链和生存能力。常见的强力组合包括秽土转生系列忍者，如秽土蝎、串串、鬼灯满月和爆刀，这类阵容能通过秽土蝎的BUFF加成和满月的闪避被动实现攻防一体。
排位战中需注意阵容的容错率和先手优势。推荐选择具备瞬发奥义或群体控制的忍者，例如小南、二代火影或天道佩恩，其奥义能快速压制敌方关键单位。同时搭配解控型忍者如香磷或静音，可有效应对异常状态。对于缺乏S级忍者的玩家，A级忍者中的鹿丸、手鞠等同样实用，鹿丸的定身奥义和追打控制能打断敌方节奏，手鞠的高频奥义配合风主刷新技能可形成压制。
防御体系构建需依赖护盾和治疗机制。次郎坊的奥义能为全队提供高额护盾，但需注意其降低忍术/体术的副作用；春野樱百豪之术的复活和治疗技能可提升续航能力，适合搭配高成长性忍者。若追求极致输出，可选用飞段死司凭血与佩恩修罗道的组合，通过火主奈落见降低敌抗性，但需承担防御薄弱的风险。
快攻型阵容建议采用同路集中站位，优先击破脆皮路线；保守型阵容推荐2356站位，通过密集分布抵御冲击。通灵兽选择需配合追打需求，例如妖狐可增强连击次数，蓝蛇提供控制加成。饰品套装优先考虑查克拉套或镰鼬套，确保关键忍者的奥义释放频率。
忍者获取方面，新手可通过生存试炼和活动积累碎片，优先培养功能性A忍如鹿丸、勘九郎。排位战需定期调整阵容，针对当前环境主流队伍进行克制，例如携带解控忍者应对控制队，或使用点燃效果限制治疗。无主模式的阵容开发空间较大，玩家需结合忍者库深度和实战反馈持续优化配置。
